新潟市でアパートを売却したときの税金は？譲渡所得・取得費・減価償却・手残りを整理

先に結論｜アパート売却では「売却価格・税金・残債」を分けて考える

アパート売却で最初に整理したいのは、次の3つです。

この3つは関係していますが、計算上は別のものです。

特に重要なのが、ローン残債は譲渡所得を計算するときの譲渡費用にはならないという点です。

残債が多いから税金が少なくなるわけではありません。

反対に、ローンをすでに完済しているから税金が増えるというものでもありません。

税金を考えるときは「譲渡所得」、手残りを考えるときは「残債」を含めて計算する。この2つを分けて考えると整理しやすくなります。

アパートの売却価格そのものに所得税がかかるわけではない

個人が土地や建物を売却した場合、基本的には売却によって生じた譲渡所得に対して税金を計算します。

基本的な考え方は次のとおりです。

課税譲渡所得金額 ＝ 譲渡価額 −（取得費 ＋ 譲渡費用）− 特別控除額

つまり、5,000万円で売却したから5,000万円に税率を掛けるわけではありません。

その不動産を取得するためにかかった取得費や、売却するために直接かかった譲渡費用などを差し引いて計算します。

参考：国税庁「譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」

アパート売却で特に重要なのが「取得費」

譲渡所得の計算で大きな影響を与えるのが取得費です。

土地の場合は、購入代金や購入時の手数料などが基本になります。

建物については少し違います。

購入したときの建物価格を、そのまま取得費として使うわけではありません。

建物の取得費は、購入代金や建築代金等から、所有期間中の減価償却費相当額を差し引いて計算します。

一棟アパートでは、この減価償却が税額へ大きく影響することがあります。

参考：国税庁「建物の取得費の計算」

減価償却すると、なぜ売却時の税金に影響するのか

例えば、購入時に建物部分が4,000万円だったとします。

保有中の減価償却を反映した結果、売却時の譲渡所得計算に使う建物の取得費が1,000万円になっていれば、原則として購入時の4,000万円ではなく、減価償却後の取得費を使って計算します。

ここで重要なのは、税務上の減価償却と市場価値は別の話ということです。

減価償却が進んだからといって、その建物が市場で必ず同じように値下がりするわけではありません。

逆に、市場では一定の価格で評価されていても、税務上の取得費は減価償却によって小さくなっていることがあります。

このズレが、アパート売却時の税金を分かりにくくする理由の一つです。

購入価格より安く売っても、譲渡所得が出ることがある

アパート売却では、ここが特に重要です。

説明のために単純化した例で考えてみます。

購入時は6,000万円だった不動産を4,500万円で売却しているので、感覚的には「購入価格より1,500万円安く売った」と感じると思います。

しかし、譲渡所得の計算では、

4,500万円 − 3,000万円 − 200万円 ＝ 1,300万円

となり、特別控除等を考慮しない単純計算では1,300万円の譲渡所得が生じます。

購入価格より安く売却していても、減価償却によって取得費が下がっていると、税務上は譲渡所得が生じることがあります。

「購入価格より安く売るから税金は出ない」と判断しないことが重要です。

取得費が分からない場合はどうする？

長く所有している不動産や相続した不動産では、購入時の売買契約書などが見つからないことがあります。

取得費が分からない場合には、売却金額の5％相当額を概算取得費として計算できる制度があります。

例えば5,000万円で売却した場合、概算取得費は250万円です。

ただし、実際にはもっと高い金額で購入していたのであれば、概算取得費を使うことで譲渡所得が大きくなり、結果として税負担が増える可能性があります。

そのため、取得費が分からないからといって、最初から5％で計算してしまうのではなく、

• 購入時の売買契約書
• 建築請負契約書
• 購入当時の精算書
• 仲介手数料等の領収書
• 過去の確定申告資料
• 減価償却資産の明細

などが残っていないか確認した方がよいでしょう。

参考：国税庁「取得費が分からないとき」

相続したアパートでは、被相続人の取得時期・取得費も確認する

相続によって取得したアパートの場合、「相続したときの相続税評価額」がそのまま譲渡所得の取得費になるわけではありません。

原則として、被相続人が土地・建物を取得したときの購入代金や購入手数料などを基に取得費を計算します。

また、長期譲渡所得・短期譲渡所得を判定する取得時期についても、被相続人の取得時期を引き継ぎます。

さらに、一定の要件を満たす場合には、支払った相続税の一部を取得費へ加算できる「相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例」があります。

相続したアパートについては、購入資料だけでなく、被相続人の取得時期、相続税申告の有無、売却時期も確認しておく必要があります。

参考：国税庁「相続や贈与によって取得した土地・建物の取得費と取得の時期」
参考：国税庁「相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」

相続したアパートを売るか持ち続けるかについては、「相続したアパートは売るべきか持ち続けるべきか」でも整理しています。

譲渡費用に含まれるもの・含まれないもの

取得費と並んで確認したいのが譲渡費用です。

譲渡費用は、原則として不動産を売るために直接かかった費用です。

「売却前に支払った費用だから全部譲渡費用」というわけではありません。

何のために支出した費用なのかによって税務上の扱いが変わります。

参考：国税庁「譲渡費用となるもの」

固定資産税・都市計画税の精算金にも注意

固定資産税・都市計画税そのものは、原則として譲渡費用にはなりません。

一方、不動産売買の決済時に、譲渡した日から年末までの期間に対応する未経過固定資産税・都市計画税相当額を買主から受け取った場合、その精算金は税務上の譲渡価額（収入金額）に含めて計算します。

不動産実務では売買代金とは別に「固定資産税等精算金」として受け取ることがありますが、譲渡所得の計算では収入金額に含まれる点に注意が必要です。

参考：国税庁「土地建物を売ったときの収入金額に含める金額」

税率を決める「5年」は、売却日から単純に数えない

土地・建物の譲渡所得は、所有期間によって長期譲渡所得と短期譲渡所得に分かれます。

重要なのは、売却した時点で5年間所有していたかどうかではないということです。

判定するのは、売却した年の1月1日現在です。

例えば2026年中に売却する場合、2020年12月31日以前に取得していれば長期譲渡所得、2021年1月1日以後の取得であれば短期譲渡所得となります。

税率差は大きいため、売却時期を検討するときに所有期間を確認する意味はあります。

参考：国税庁「長期譲渡所得の税額の計算」
参考：国税庁「短期譲渡所得の税額の計算」

税率が下がるまで待てばよい、とは限らない

短期譲渡から長期譲渡へ変わる時期が近い場合、「長期になるまで待った方がよいのでは」と考えるのは合理的です。

ただし、税率だけで売却時期を決めるのはおすすめしません。

待っている間にも、

• 空室による賃料減少
• ローン利息
• 固定資産税
• 管理費
• 修繕費
• 大規模修繕
• 金利上昇
• 売却価格の変動

などが発生する可能性があります。

例えば税金を300万円抑えられても、待っている間に修繕や空室等で400万円の負担が増えるのであれば、結果として手残りが増えるとは限りません。

税金が安くなることと、売却後の手残りが増えることは同じではありません。

税率だけでなく、保有中のキャッシュフロー、修繕、融資、市場価格を合わせて比較する必要があります。

売却時期そのものの判断については、「新潟市でアパートを売却するタイミングはいつ？」でも整理しています。

賃貸用アパートで3,000万円特別控除は使える？

居住用財産を売却した場合には、一定の要件を満たすと譲渡所得から最高3,000万円を控除できる特例があります。

ただし、賃貸だけに使用している投資用アパートは、通常のマイホームの3,000万円特別控除の対象にはなりません。

一方、自分の居住に使っている部分を含む建物などでは、その利用状況によって居住用財産の特例を検討できる場合があります。

賃貸部分と自己居住部分が混在している場合には、物件の利用状況や面積、売却時期等によって判断が変わるため、「アパートだから使える・使えない」と一律に判断せず、税理士や税務署へ確認した方がよいでしょう。

参考：国税庁「マイホームを売ったときの特例」
参考：国税庁「店舗併用住宅を売ったときの特例」

ローン残債は「税金」と「手残り」で扱いが違う

ここはアパート売却で非常に重要です。

例えば、売却時点でローンが3,000万円残っていたとしても、その3,000万円を譲渡所得から差し引くことはできません。

一方で、決済時には金融機関へ残債を返済する必要があるため、手残りには直接影響します。

考え方を分けると、

税金の計算：譲渡価額 − 取得費 − 譲渡費用等

手残りの概算：売却による受取額 − ローン返済 − 売却費用 − 税金等

となります。

「残債が多いから利益は出ていない」という感覚と、税務上の譲渡所得が一致しないことがあるため注意が必要です。

簡単な例｜売却価格より「税引後の手残り」を見る

先ほどの例に、ローン残債まで加えて考えてみます。

特別控除等がなく、課税譲渡所得が1,300万円で長期譲渡所得として単純計算した場合、所得税・復興特別所得税・住民税の合計は概算で約264万円です。

すると、説明のための単純な試算では、

4,500万円 − 2,800万円 − 200万円 − 約264万円 ＝ 約1,236万円

となります。

これは、譲渡所得税等とローン残債・譲渡費用の関係を理解するために単純化した試算です。

実際の手残りは、固定資産税等の精算、登記関係費用、消費税の納税義務の有無、土地・建物の価格区分、その他の決済精算や契約条件などによって変わります。

したがって、実際の売却判断では売買価格だけでなく、個別条件を反映した手残り表を作って確認した方がよいでしょう。

売却で損が出ても、他の所得と自由に相殺できるわけではない

反対に、譲渡所得の計算で損失が出るケースもあります。

個人が土地・建物を売却して生じた譲渡損失は、原則として、他の土地・建物の譲渡所得から控除できます。

それでも控除しきれない損失については、原則として給与所得や不動産所得、事業所得など他の所得と損益通算することはできません。

居住用財産については一定の要件を満たす場合の例外がありますが、通常の投資用アパートについて「売却損を給与所得やアパート賃貸の不動産所得から自由に差し引ける」と考えない方がよいでしょう。

参考：国税庁「不動産を譲渡して譲渡損失が生じた場合」

個人所有でも「消費税」が関係する場合がある

アパート売却では、所得税・住民税だけでなく消費税にも注意が必要なケースがあります。

個人で所有していても、消費税の課税事業者が事業に使用していた建物を売却した場合、原則として建物部分は消費税の課税対象になります。

住宅賃貸用の建物についても、建物そのものを売却する取引は課税対象になり得ます。

一方、土地の譲渡は消費税の非課税取引です。

そのため、土地と建物を一括して売却する収益物件では、土地部分と建物部分をどう区分するかも税務上の重要な論点になります。

「住宅の家賃は消費税が非課税だから、アパート売却でも消費税は関係ない」とは限りません。

課税事業者に該当するかどうかや土地・建物の価格区分は手残りにも影響するため、該当する可能性がある場合は売買契約前に税理士へ確認した方がよいでしょう。

参考：国税庁「個人が事業用建物等を譲渡した場合の消費税」

確定申告は「売却したら必ず」とは限らない

土地・建物の売却によって譲渡所得が生じた場合は、原則として確定申告が必要です。

一方、譲渡所得の計算上損失となり、適用したい特例等もない場合には、その売却だけを理由として必ず確定申告が必要になるとは限りません。

また、相続税の取得費加算など一定の特例を利用する場合には、確定申告が必要です。

「売ったから申告」「購入価格より安く売ったから申告不要」と単純に判断せず、取得費・減価償却・譲渡費用を反映した譲渡所得を確認したうえで判断します。

参考：国税庁「不動産等を売却した方へ」

売却前に集めておきたい資料

税金を概算するためには、査定書だけでは足りません。

少なくとも、次の資料を確認しておくと計算しやすくなります。

• 購入時の売買契約書
• 建築請負契約書
• 購入時の精算書
• 土地・建物の取得金額が分かる資料
• 減価償却資産の明細
• 過去の確定申告書
• 現在のローン残高が分かる資料
• 修繕履歴
• 相続した物件なら相続税申告関係資料

特に、土地・建物の取得金額と、建物の減価償却状況は早めに確認しておきたいところです。

売買契約の直前に初めて税額を計算すると、「思っていた手残りと違う」ということになりかねません。

売却価格ではなく「税引後手残り」で比較する

アパートの売却判断では、査定価格だけを比較するより、税引後の手残りまで見た方が判断しやすくなります。

概念としては、

売却による受取額 − ローン残債 − 売却に必要な費用 − 税金等 ＝ 売却後の手残り

です。

さらに、「今売るか、持ち続けるか」を判断するのであれば、売却した場合の手残りだけでは足りません。

保有を続けた場合の、

• 今後の賃料収入
• 空室損失
• ローン返済
• 金利
• 修繕費
• 管理費
• 将来の売却価格
• 将来の税負担

も比較する必要があります。

「税金が高いから今は売らない」「税率が下がるから待つ」だけではなく、保有と売却の両方を税引後のキャッシュで比較するのが実務的です。

税理士へ事前に確認した方がよいケース

次のような場合は、不動産会社だけで税務判断を完結させず、売却前に税理士へ確認することをおすすめします。

• 取得費が分からない
• 土地と建物の取得価格の内訳が分からない
• 大規模な改修・資本的支出をしている
• 相続で取得した
• 自己居住部分を含む賃貸物件である
• 短期譲渡と長期譲渡の境目に近い
• 消費税の課税事業者である、または該当するか分からない
• 事業用資産の買換え等の特例を検討している
• 複数の不動産を同じ年に売却する

税額を確定するのは税務の専門領域です。

一方、不動産会社として重要なのは、売却価格だけを提示するのではなく、税金や残債を含めると売却後にどの程度の資金が残るのかを、売却を決める前に確認する必要があるとお伝えすることだと弊社は考えています。

まとめ｜アパート売却は「いくらで売れるか」だけでは判断しない

個人所有のアパートを売却するときは、売却価格だけでなく、譲渡所得と最終的な手残りを分けて考える必要があります。

特に確認したいのは、

• 売却価格そのものに所得税がかかるわけではない
• 建物の取得費は減価償却の影響を受ける
• 購入価格より安く売っても譲渡所得が生じる場合がある
• 取得費が不明なら概算取得費を使えるが、税負担が大きくなる場合がある
• ローン残債は譲渡所得から差し引けない
• 所有期間は売却した年の1月1日時点で判定する
• 固定資産税等精算金は譲渡価額へ含まれる
• 税率だけを理由に売却時期を決めない
• 課税事業者では建物売却の消費税も確認する

という点です。

税金を少なくすること自体が、売却の目的ではありません。

大切なのは、税金・残債・今後の収益・修繕・売却価格まで含めて、最終的にどの選択肢が自分にとって合理的なのかを判断することです。